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艾基人源細胞STR鑒定


據統計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識,因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療災難性后果……這浪費大量時間、精力和金錢。

因此近年NIH、ATCC、NatureScience等對此多次發出呼吁,要求研究者對細胞進行鑒定,如2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR鑒定國家標準;2014 12 月、2015 2 Science 雜志分別發表文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識嚴重性;2015 Nature通知:Nature 旗下雜志將從月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系;20156月有報道稱一科學家由于用錯細胞系,撤銷Nature論文。STRShort Tandem Repeat,短串聯重復序列)基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定,目前越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型數據。

圖片1.png 

STR基因位點由長度為37個堿基對的短串連重復序列組成,這些重復序列廣泛存在于人類基因組中,可作為高度多態性標記,被稱為細胞的DNA指紋(如目前我們親子鑒定即采用該技術),其可通過PCR(聚合酶鏈式反應)來檢測。STR 基因座位上的等位基因可通過擴增區域內重復序列的拷貝數的不同來區分,在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法,即可根據所得的STR分型結果與專業的細胞STR數據庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能的交叉污染的細胞系名稱。

一、何時需做細胞STR鑒定? 

  1、發表文章或申請課題經費前;

  2、使用細胞進行臨床治療(試驗)前;

  3、準備凍存保種或已凍存多年的細胞;

  4、一個涉及到細胞試驗項目開始/結束時;

  5、新得到的細胞或實驗室培養5代以上的細胞;

6、細胞系表現不穩定或結果與預期差別較大;

二、已開始要求細胞STR鑒定的期刊: 

Nature;

BioTechniques;

Cancer Research;

Cancer Discovery;

Clinical Cancer Research;

Molecular Cancer Research;

Cancer Prevention Research;

International Journal of Cancer;

Molecular Cancer Therapeutics;

Cell Biochemistry and Biophysics;

Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention;

In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal;

......

三、細胞STR鑒定,艾基更專業:

專業化團隊:積累了近5年的親子鑒定的資質和資歷,擁有細胞生物學專業服務隊伍,專業解讀細胞STR數據;

專業的結題報告:出具中/英文結題報告書(含STR分型圖譜及搜庫鑒定結果);

高準確度:符合最新ANSI/ATCC標準,測試結果99.99%與文獻吻合;

標準檢測與分析ABI 31303730基因分析儀和GeneMapper數據處理軟件;

多基因檢測、高靈敏度:可同時檢測21STR位點,僅需2ng DNA即可判斷細胞類型及可能的細胞交叉污染;

常用的21STR位點名稱:

D5S818

D13S317

D7S820

D16S539

VWA

TH01

TPOX

Amelogenin

(性別位點)

CSF1PO

D3S1358

Penta E

D2S441

D2S1338

Penta D

D10S1248

D19S433

D21S11

D18S51

D6S1043

D8S1179

D12S391

FGA

快速交付148個樣品僅需35個工作日、4996個樣本僅需47個工作日;

高性價比:高競爭力的服務價格和完善的售后技術支持服務。

四、艾基細胞STR鑒定服務項目:

人源細胞STR分型檢測;

/鼠細胞交叉污染檢測;

組 1.png五、艾基細胞STR鑒定服務流程:

 

 

 

 


六、常見問題解答:

1、請問做細胞STR鑒定有何用?

答:細胞STR鑒定主要應用于將人源細胞用于研究、生產的客戶,包括但不限于以下領域:醫學、遺傳學、藥物開發、疫苗研制、生物技術和制藥行業、再生醫學、干細胞、腫瘤、免疫細胞治療、病毒檢測和治療及基礎細胞生物學等,通過細胞STR鑒定,您可以:

<1>. 判斷您培養的該細胞是否被其他細胞交叉污染及其可能被污染的細胞名稱;

<2>. 明確知道自己正在使用的細胞是否“正確”——2015年有文獻報道稱:國內建立的人源細胞系竟有高達85.51%是錯的!

 

2、若我需要鑒定的細胞沒有文獻報道有STR數據,請問還能做STR鑒定嗎?

答:盡管我司建立的STR數據庫有目前最全的人源細胞系STR數據,但有些文獻未報道STR數據的細胞系(國內自行建立的細胞系)在我們數據庫中可能也沒有其STR數據。不過,我們仍建議您進行細胞STR鑒定,因為通過該項檢測,您可以:

<1>. 判斷您培養的該細胞是否被其他細胞交叉污染及其可能被污染的細胞名稱;

<2>. 您將是第一個得到該細胞系STR數據(DNA指紋)的人;

<3>. 該細胞系的STR數據將保存在我們數據庫中,方便您以后調用、比對。

 

3、我的研究結果發不了《Nature》,請問還有必要做細胞STR鑒定嗎?

答:只要您使用細胞從事相關研究工作,我們強烈建議對您的細胞進行鑒定,原因如下:

<1>. 2015年有文獻報道稱:國內建立的人源細胞系竟有高達85.51%是錯的?。?!

<2>. 目前不止《Nature》需要細胞鑒定結果,很多雜志也陸續要求投稿者提供細胞鑒定數據;

<3>. 退一萬步說,即使我們使用細胞的目的不是用來發表文章,如因為我們使用了“錯誤”的細胞或者被其他細胞污染的細胞,而導致得出不可靠的實驗結論,那多年的辛苦豈不白費、可惜?如2014年炒得沸沸揚揚的日本美女科學家小保方晴子的STAP細胞鬧劇,后來證實是污染了胚胎干細胞。

 

4、請問該如何送樣測試?

答:為保證樣品質量和STR鑒定效果,我們不建議客戶直接送檢自己提取好的基因組DNA。推薦客戶直接寄送細胞沉淀,方法:用PBS將細胞洗2遍后,收集細胞于一干凈無菌離心管中,離心、去上清,即得細胞沉淀(細胞數≥106個,細胞沉淀應至少肉眼明顯可見),用封口膜封好離心管管口以防止樣品泄漏及其他細胞污染。樣品隨冰袋寄送到我司即可。

 

5、請問貴司可以進行人干細胞系鑒定嗎?

答:可以。目前我司的細胞系STR數據庫包含2000來株人胚胎干細胞、hiPSCs、間充質干細胞系STR數據。

 

6、請問貴司的項目周期為多長?

答:148個樣品,在確認收到樣品及相應款項后35個工作日內完成鑒定;4996個樣品,在收到樣品及相應款項后47個工作日內完成鑒定工作。


九、參考文獻:

 

1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview.Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43.

2. Capes-Davis, A., et al., Check your cultures! A list of cross-contaminated or misidentified cell lines.Int J Cancer, 2010. 127(1): p. 1-8.

3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity.Science, 2007. 315(5814): p. 928-31.

4. Lorsch, J.R., F.S. Collins, and J. Lippincott-Schwartz, Cell Biology. Fixing problems with cell lines.Science, 2014. 346(6216): p. 1452-3.

5. Neimark, J., Line of attack.Science, 2015. 347(6225): p. 938-40.

6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of a panel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumor sites.Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64.

7. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal of false cell lines.Nature, 2012. 492(7428): p. 186.

8. McLaren, R.S., Y. Reid, and D.R. Storts, Human cell line authentication: the critical first step in any project using human cell lines.Methods Mol Biol, 2013. 963: p. 341-53.

9. Announcement: Time to tackle cells’ mistaken identity.Nature, 2015. 520(7547): p. 264-264.

10. American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end.Nat Rev Cancer, 2010. 10(6): p. 441-8.

11. Editorial, It is time for all involved to tackle the chronic scandal of cell-line contamination. Funders first.Nature, 2009. 457: p. 2.

12. ANSI/ATCC, Authentication of Human Cell Lines: Standardization of STR Profiling. 2011, ASN-0002-2011.

13. Masters, J.R., et al., Short tandem repeat profiling provides an international reference standard for human cell lines.Proc Natl Acad Sci U S A, 2001. 98(14): p. 8012-7.

14. Edwards, A., et al., DNA typing and genetic mapping with trimeric and tetrameric tandem repeats.Am J Hum Genet, 1991. 49(4): p. 746-56.

15. Sorensen, T., A Method of Establishing Groups of Equal Amplitude in Plant Sociology Based on Similarity of Species Content and Its Application to Analyses of the Vegetation on Danish commons.Biol Skr, 1948. 5: p. 1-34.

16. Ye, F., et al., Genetic profiling reveals an alarming rate of cross-contamination among human cell lines used in China.FASEB J, 2015. 29(10): p. 4268-72.

 



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