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真菌 ITS 區序列分析

真菌 ITS 區序列分析


服務介紹  Service Introduction


      真菌基因組中編碼 rRNA 的基因有 4 種,28S rDNA、5S rDNA、18S rDNA 和 5.8S rDNA,其中 18S、 5.8S 和 28S rDNA 基因組成一個轉錄單元,其間的間隔區為 ITS (Internal Transcribed Space) 基因,包括 ITS1 及 ITS2 兩部分。ITS 區基因進化速度快, 具有多態性,適于對親緣關系較近的菌株進行區分鑒定。利用 rDNA 的保守序列設計引物,PCR 擴增未知真菌的 ITS 區,測序后與 GenBank 中已知的序列進行同源性比較,將未知真菌鑒定到屬或種。


技術流程 Technical Procedures


技術流程圖

ITS.jpg


圖4.png

ITS 示意圖 


樣品要求及注意事項 Sample Requirements And Notes 


  kyfwtx.png 基因組 DNA:OD 260/280 在 1.8-2.0 之間(OD260/230 最好大于 1.5),濃度 ≥ 30 ng/μl, 體積 ≥ 20 μl,且無明顯降解; 

  kyfwtx.png 建議提供培養過的菌液,體積 >2 ml,請確保提供的菌液是經過分離培養的單菌落,因樣本不純造成的測序雙峰,將全額收取實驗費用;

  kyfwtx.png 特殊樣品 , 如酵母菌、絲狀真菌等,建議提供基因組 DNA;

  kyfwtx.png 不接受有致病性的樣品 , 如果菌體帶有致病性,請提供菌體的基因組 DNA,并進行加熱處理以殺死致病菌;

  kyfwtx.png 由于有些真菌形態與細菌相似,難以判斷,在無法獲得 ITS結果時,建議考慮進行真菌16S區序列分析; 

  kyfwtx.png 對于測序雙峰的樣本,我們可以提供克隆測序的服務。


交付結果  Results Delivery


  kyfwtx.png 測序峰圖及序列文件 

  kyfwtx.png ITS 序列拼接文件 

  kyfwtx.png 序列分析比對結果


服務價格 Pricing Information




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對于測序雙峰的樣品,我們可提供克隆測序服務,價格:300 元 / 樣品; 包含:片段克隆,4 個陽性克隆測序,序列比對分析。


IGE-真菌菌種鑒定委托書.doc



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