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簡化基因組測序


服務介紹  Service Introduction


        RAD(Restriction-site Associated DNA)技術利用限制性內切酶消化基因組 DNA,通過連接接頭和分選基因組酶切片段,可以獲 得一小部分基因組序列,實現對酶切位點附近序列的深度測序并發現 SNP 以及 InDel 位點,該技術可以實現群體表型分離和相應 marker 的關聯分析。

       限制性內切酶的選擇,對于具有參考基因組的物種,可以進行電子預酶切,從而選擇酶切位點數目比較合適的酶進行酶切,并根據電 子酶切的長度分布頻率選擇建庫長度(一般在 200-300bp)。對于沒有參考基因組的物種,需要利用多種限制性內切酶進行篩選。


服務優勢


 項目周期短:簡化了傳統的ddRAD-seq流程,一般30個工作日即可完成ddRAD-seq建庫。尤其適用于群體遺傳等大批量群體的研究中。

分析多元化:RAD-seq下機數據可以有多個軟件分析,最常用的為stacks,其余還有pyRAD以及TASSEL等。您可以根據自己需要選擇軟件進行分析。

自主性強:我們可根據您的需求選定不同的酶切方案(即選擇適用所研究物種的限制性內切酶),獲得更加個性化的數據。


技術流程 Technical Procedures


  圖42.png



生物信息學分析 Bioinformatics Analysis


 

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樣品要求  Sample Requirements


  kyfwtx.png  客戶提供:目的物種的基因組信息或近源參考基因組的信息,限制性內切酶的種類信息;

  kyfwtx.png  樣品總量:每個樣品制備需要大于 3 μg 的樣品,為保證實驗質量及延續性,請一次性提供至少 4 μg 的樣品;

  kyfwtx.png  樣品濃度和純度:樣品濃度 >50 ng/μl,OD260/280 介于 1.8-2.0 之間,無蛋白質、RNA 或肉眼可見雜質污染; 

  kyfwtx.png  樣品質量:基因組完整、無降解,電泳結果基因組 DNA 主帶應在 -Hind III digest 最大條帶 23 kb 以上且主帶清晰,無彌散; 

  kyfwtx.png  樣品保存:請選擇干粉、酒精、TE buffer 或超純水一種,并在樣品信息單中注明。


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